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論壇速遞:小彩虹YOUYOU遺傳變異配對(duì)小程序發(fā)布暨第4期遺傳病案例分享解讀系列圓滿結(jié)束

發(fā)布日期:2023-07-28

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小彩虹YOU-YOU遺傳病案例分享解讀系列會(huì)議第4期特別邀請(qǐng)了鄭州大學(xué)第三附屬醫(yī)院高永強(qiáng)副主任醫(yī)師擔(dān)任案例分享與討論嘉賓,復(fù)旦大學(xué)遺傳咨詢?cè)谧x研究生萬(wàn)遠(yuǎn)對(duì)案例的變異進(jìn)行解讀,首都醫(yī)科大學(xué)宣武醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科王朝東主任、合因科技醫(yī)學(xué)服務(wù)部總監(jiān)譚灝文博士對(duì)案例深度解析和討論,安宇老師作為主持人。


案例分享


鄭州大學(xué)第三附屬醫(yī)院高永強(qiáng)副主任此次分享的是一則有關(guān)兒童遺傳性神經(jīng)肌肉病案例,從病史、查體、檢查、診斷、治療及隨訪等方面對(duì)患兒臨床情況做了全面詳細(xì)講解,并綜合介紹了IGHMBP2基因相關(guān)疾病。


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臨床表型:患兒,女,1歲3月因不能獨(dú)站就診,2歲6月時(shí)走路不穩(wěn),雙下肢肌張力低,膝過(guò)伸,雙足內(nèi)旋,呈鴨步態(tài),MRI顯示骶管脂肪沉積。肌電圖&誘發(fā)電位可見(jiàn):雙脛神經(jīng)運(yùn)動(dòng)傳導(dǎo)速度減慢,雙腓總神經(jīng)運(yùn)動(dòng)傳導(dǎo)未引出肯定波形,雙脛前肌、雙腓腸肌可見(jiàn)纖顫電位、正銳波及巨大電位,余被檢肌未見(jiàn)自發(fā)電位,重收縮用力可,考慮雙下肢部分周圍神經(jīng)病變(提示脫髓鞘伴軸索損傷)。大運(yùn)動(dòng)能力低下。無(wú)家族史,其余方面查體結(jié)果、智力認(rèn)知語(yǔ)言水平無(wú)異常,關(guān)節(jié)活動(dòng)度未見(jiàn)明顯異常。初步診斷:周圍神經(jīng)疾病,遺傳性運(yùn)動(dòng)感覺(jué)神經(jīng)病?


基因檢測(cè):為進(jìn)一步明確病因,對(duì)患兒進(jìn)行了家系臨床全外顯子組測(cè)序(Trio-CES)和靶向多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)(MLPA)檢測(cè)。MLPA檢測(cè)結(jié)果排除了受檢者的MPZ、PMP22GJB1基因外顯子區(qū)域的缺失重復(fù)變異。二代測(cè)序發(fā)現(xiàn)受檢者攜帶IGHMBP2基因上的兩個(gè)雜合變異,即變異1:c.2362C>T:p.R788*和變異2:c.1910G>T:p.R637L。一代測(cè)序驗(yàn)證結(jié)果顯示這兩個(gè)變異真實(shí)可靠,且分別遺傳自受檢者母親和父親,構(gòu)成復(fù)合雜合變異。根據(jù)ACMG評(píng)級(jí),變異1為致病性變異,變異2為意義不明變異。


高永強(qiáng)主任對(duì)IGHMBP2基因異常相關(guān)疾病的臨床特征、診斷標(biāo)準(zhǔn)、鑒別診斷以及治療等方面進(jìn)行了概述。IGHMBP2基因異??蓪?dǎo)致常染色體隱性遺傳的脊髓性遠(yuǎn)端肌萎縮1型或軸索性腓骨肌萎縮癥2S型,然而患兒的臨床表現(xiàn)并不能完全匹配此基因相關(guān)2種疾病,臨床按照腓骨肌萎縮癥2S型的方向進(jìn)行治療,目前孩子仍可維持獨(dú)立行走的能力。


IGHMBP2基因可以導(dǎo)致兩種不同的表型:


IGHMBP2基因異常導(dǎo)致常染色體隱性遺傳的脊髓性遠(yuǎn)端肌萎縮 1 型((DSMA1;OMIM#604320)或性腓骨肌萎縮癥 2S 型(CMT2S;OMIM#616155)

DSMA1又叫脊髓性肌萎縮伴呼吸窘迫1型(spinal muscular atrophy with respiratory distress type 1,SMARD1), 是一種罕見(jiàn)的嚴(yán)重的常染色體隱性遺傳性神經(jīng)肌肉疾病。


大多數(shù)SMARD1患兒出生時(shí)四肢肌力、 肌張力基本正常,于出生后6周至6個(gè)月突然出現(xiàn)膈肌麻痹并呼吸窘迫、呼吸衰竭,四肢肌無(wú)力,遠(yuǎn)端重于近端、下肢重于上肢。


SMARD1的臨床表現(xiàn)與脊肌萎縮癥有相似點(diǎn),但發(fā)病基因、機(jī)制及臨床表現(xiàn)有明顯區(qū)別,臨床上對(duì)SMARD1認(rèn)識(shí)不足,極易漏診、誤診。

型腓骨肌萎縮癥2S型(Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2S; CMT2S; OMIM:616155)是一種以常染色體隱性方式遺傳的疾病?;颊咴?0歲左右開(kāi)始發(fā)病,臨床癥狀為進(jìn)行性遠(yuǎn)端肌肉無(wú)力,遠(yuǎn)端肌萎縮,脊柱側(cè)彎,馬蹄足內(nèi)翻,遠(yuǎn)端感覺(jué)障礙,步態(tài)不穩(wěn),腱反射減弱,部分患者舌形異常,輕度近端肌無(wú)力。CMT根據(jù)神經(jīng)電生理和病理特點(diǎn)可為不同亞型,最常見(jiàn)的是CMT1 (脫髓鞘型)和CMT2型(軸索型),占所有CMT患者70%-90%;CMTX型占10%-20%,X連鎖顯性遺傳,男性癥狀嚴(yán)重。


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變異解讀與討論



復(fù)旦大學(xué)遺傳咨詢?cè)谧x研究生萬(wàn)遠(yuǎn)對(duì)基因檢測(cè)報(bào)告中提示的變異進(jìn)行了詳細(xì)解讀。首先通過(guò)ClinGen數(shù)據(jù)庫(kù)查詢到IGHMBP2基因gene curation的結(jié)果,IGHMBP2基因?qū)е鲁H旧w隱性遠(yuǎn)端脊髓型肌萎縮(DSMA1)。


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本案例中與臨床表型相關(guān)的IGHMBP2基因變異c.2362C>T:p.R788*,按照ACMG評(píng)級(jí)框架,在人群中頻率(gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù))提示發(fā)生罕見(jiàn)符合PM2_Supporting。該無(wú)義變異預(yù)測(cè)是導(dǎo)致IGHMBP2功能喪失,可使用PVS1。IGHMBP2導(dǎo)致遠(yuǎn)端脊髓型肌萎縮(DSMA1)在OMIM表型中特征表型為“周圍神經(jīng)病變引起的遠(yuǎn)端肌無(wú)力、肌萎縮”,與本例患兒表型較為相符,故使用PP4。另外,該位點(diǎn)在ClinVar上9家單位報(bào)道這個(gè)變異是致病/可能致病,這個(gè)變異是熱點(diǎn)變異,查詢到文獻(xiàn)中存在3個(gè)處于反式位置(in trans)的無(wú)義變異位點(diǎn),可以升級(jí)為PM3_Strong。最終c.2362C>T:p.R788*評(píng)級(jí)為致病性變異(P)。


本案例中另外一個(gè)位于IGHMBP2基因的變異c.1910G>T:p.R637L,其人群頻率在gnomAD數(shù)據(jù)庫(kù)中未收錄,使用PM2_Supporting。通過(guò)分析,PP2(Z score 0.18)、PS1和BP1等都無(wú)法適用。ClinVar查詢到一個(gè)變異具有相同第637位置氨基酸改變c.1909C>T (p.Arg637Cys),ClinVar評(píng)估為L(zhǎng)P/VUS,  如果是LP,則可以使用PM5。REVEAL預(yù)測(cè)值為0.743,PP3適用。考慮到與第一個(gè)致病性變異位于反式位置,適用PM3。最終第二個(gè)變異評(píng)級(jí)為臨床意義不明(VUS)。


附錄中另外4個(gè)位點(diǎn),CCDC78基因與中心核肌病4有關(guān),查詢發(fā)現(xiàn)ClinGen的gene curation結(jié)果是limited,SPATA5基因?qū)е掳橛新?tīng)力損失、癲癇發(fā)作和腦部異常的神經(jīng)發(fā)育障礙,常染色體隱性遺傳方式,表型與本例患兒相符之處較少。LAMA2基因與先天性肌營(yíng)養(yǎng)不良癥1A型相關(guān),主要臨床表現(xiàn)為生后早期出現(xiàn)的肌張力低下、運(yùn)動(dòng)發(fā)育落后、關(guān)節(jié)攣縮并伴血清肌酸激酶(CK)、肌酸激酶同工酶(CK-MB)等酶學(xué)指標(biāo)升高。89%的變異是LOF變異。本例發(fā)現(xiàn)的兩個(gè)變異位點(diǎn)c.2361A>C和c.8906G>A,根據(jù)人群頻率、軟件有害性預(yù)測(cè)等證據(jù)綜合分析,兩者仍評(píng)為VUS,附錄的案例與本案例的臨床表型不符合。


合因科技醫(yī)學(xué)服務(wù)部總監(jiān)譚灝文博士結(jié)合萬(wàn)遠(yuǎn)對(duì)患兒的變異解讀進(jìn)行點(diǎn)評(píng)。


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首先IGHMBP2基因變異c.2362C>T是一個(gè)東亞熱點(diǎn),報(bào)道過(guò)多次,評(píng)級(jí)證據(jù)使用的是沒(méi)有問(wèn)題的。隨后著重討論了IGHMBP2的另一變異M2,此類錯(cuò)義變異在評(píng)級(jí)過(guò)程中往往難度最大。譚老師認(rèn)為PP4可以使用,主要考慮患者的癥狀和輔助檢測(cè)的結(jié)果多吻合,已經(jīng)通過(guò)MLPA檢測(cè),排除了腓骨肌萎縮癥(CMT)中常見(jiàn)PMP22、MPZGJB1基因的拷貝數(shù)異常原因,也排除了5q-SMA和DMPK,且進(jìn)行的是WES檢測(cè)。對(duì)于曾經(jīng)報(bào)道過(guò)與第二個(gè)變異有相同氨基酸位置的變異p.Arg637Cys,進(jìn)行了評(píng)級(jí):人群頻率可使用PM2_Supporting;該點(diǎn)REVEL值為0.856,根據(jù)ClinGen最新評(píng)分標(biāo)準(zhǔn),可評(píng)為PP3_Moderate;查詢文獻(xiàn)共找到3個(gè)位點(diǎn)與其構(gòu)成復(fù)合雜合,其中2個(gè)評(píng)為VUS,1個(gè)可評(píng)為L(zhǎng)P,因此可使用PM3評(píng)級(jí)證據(jù)。最終p.Arg637Cys可評(píng)到LP等級(jí)。由此以來(lái),本案例的第二個(gè)變異可以使用PM5證據(jù),ClinGen在2022年10月最新的SOP中,對(duì)于使用PM5有新的建議,根據(jù)Grandtham distance score,p.Arg637Leu的得分比p.Arg637Cys的得分低,建議降級(jí)使用(PM5_Supporting),這樣第二個(gè)變異升級(jí)為可能致病性變異LP。

臨床與案例討論



來(lái)自首都醫(yī)科大學(xué)宣武醫(yī)院的臨床神經(jīng)內(nèi)科專家王朝東主任結(jié)合自身豐富的臨床經(jīng)驗(yàn),對(duì)該案例進(jìn)行點(diǎn)評(píng)。


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腓骨肌萎縮癥非常常見(jiàn)于成人,主要表現(xiàn)為行走、骨骼和足弓問(wèn)題。而該病例是一名兒童,相對(duì)不太常見(jiàn)。王朝東主任對(duì)于PP4的使用提出了臨床上的建議。在本案例中,患兒的電生理符合周圍神經(jīng)病變特征。對(duì)于在神經(jīng)科臨床做診斷時(shí),建議依據(jù)“Midnights”原則對(duì)代謝、免疫、感染、營(yíng)養(yǎng)、中毒等原因進(jìn)行排查。特別是對(duì)于類似沒(méi)有家族史、父母非近親的案例,可以增加一些排查性的檢查。例如在成人中,遺傳性遠(yuǎn)端型肌病和遺傳性周圍神經(jīng)病容易混淆,通過(guò)肌酶水平可進(jìn)行鑒別。另外也可考慮外周神經(jīng)的活檢,如腓腸神經(jīng)活檢。該病非常罕見(jiàn),獲得相關(guān)的免疫組化并不容易。但總的來(lái)說(shuō),臨床獲得更多的證據(jù),可使得PP4證據(jù)更加充分。高永強(qiáng)主任補(bǔ)充,患兒2歲6個(gè)月就診時(shí),腓腸肌萎縮非常不明顯。在后續(xù)再次見(jiàn)到患兒時(shí),小腿萎縮加重,尚未出現(xiàn)明顯的關(guān)節(jié)變形和足弓異常。過(guò)去曾經(jīng)檢查過(guò)肌酶是正常范圍內(nèi)。另外,外周神經(jīng)活檢在當(dāng)?shù)夭⑽磸V泛開(kāi)展。在臨床實(shí)際工作開(kāi)展中,確實(shí)存在一些客觀條件的局限性,兩位主任的分享與討論值得大家深入思考。


上海市兒童醫(yī)院馬俐老師在看到本次會(huì)議預(yù)告后,也主動(dòng)聯(lián)系主辦方,在本次會(huì)議上分享了門(mén)診中遇到的一例IGHMBP2基因突變患兒。女,快2個(gè)月,出生時(shí)足月小樣兒,喂食不多,呼吸等無(wú)異樣。在當(dāng)?shù)蒯t(yī)院做過(guò)常規(guī)檢查,無(wú)明顯異常。主任和馬俐老師先后均發(fā)現(xiàn)女?huà)氤缘牟皇呛芎茫砩嫌行┧绍?,活力不好,雙腳馬蹄足,雙手胎兒指墊,但體型不瘦。女?huà)胧罩稳朐汉?,突然有一天出現(xiàn)呼吸衰竭和酸中毒,只能通過(guò)有創(chuàng)呼吸支持,肌無(wú)力,遠(yuǎn)端肌肉重于近端,然而神智清醒。通過(guò)家系外顯子測(cè)序發(fā)現(xiàn)該受檢者IGHMBP2基因存在一個(gè)無(wú)義/移碼突變和一個(gè)單外顯子缺失突變,兩個(gè)位點(diǎn)均未被報(bào)道。患兒媽媽回憶曾有過(guò)一個(gè)出現(xiàn)過(guò)類似問(wèn)題的女兒,送醫(yī)院后搶救失敗。綜合臨床和分子診斷結(jié)果,最終明確該受檢者屬于SMARD1型。該基因突變案例在國(guó)內(nèi)鮮有報(bào)道,感謝馬俐老師的分享,該患兒的就診經(jīng)歷帶給了我們一些新的經(jīng)驗(yàn)。

案例總結(jié)



來(lái)自復(fù)旦大學(xué)人類表型組研究院的安宇老師主持各位專家有關(guān)該案例的討論,總結(jié)如下:

01


錯(cuò)義變異在臨床上通常難以解讀,對(duì)于錯(cuò)義變異,in trans位點(diǎn)和信息的查詢非常重要,能夠查詢到in trans位點(diǎn)的數(shù)量不同可能會(huì)使得變異評(píng)級(jí)的結(jié)果大相徑庭。UUmatcher等變異位點(diǎn)共享的平臺(tái)有助于對(duì)in trans位點(diǎn)的解讀。

02


ClinGen提出了對(duì)于PM5新的解讀,新的解釋較為謹(jǐn)慎。如若使用PM5,首先需滿足支持性位點(diǎn)是P/LP,其次還需考慮有害性預(yù)測(cè)或Grantham distance。在本案例中,安宇老師贊同PM5_Suppoting的使用。

03


本案例臨床可能還需要做更多評(píng)估,而且隨著孩子年齡的增長(zhǎng),也要繼續(xù)進(jìn)行隨訪。不同的基因型和表型的關(guān)系還有待進(jìn)一步關(guān)注,不同變異的基因型可能導(dǎo)致表型截然不同。后期可通過(guò)持續(xù)關(guān)注相關(guān)報(bào)道,不同變異是否出現(xiàn)不同基因型?是否出現(xiàn)無(wú)呼吸異常的案例?不同年齡表型是否不一樣?還需要分析變異類型與表型的關(guān)系。

04


IGHMBP2基因?qū)е鲁H旧w隱性遠(yuǎn)端脊髓肌肉萎縮 1 型 (DSMA1; 604320 ),也稱為脊髓肌肉萎縮伴呼吸窘迫 (SMARD1) 和遠(yuǎn)端遺傳性運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元病 VI 型 (HMN6),本案例在兒童期表型未涉及呼吸異常情況,鑒別起來(lái)較為困難,通過(guò)基因診斷給出了遺傳學(xué)的檢測(cè)結(jié)果,兩個(gè)變異都可以評(píng)到LP等級(jí)。需要繼續(xù)臨床隨訪,完善相關(guān)的鑒別檢測(cè),存在的疑問(wèn)也有待于進(jìn)一步研究。。


本期小彩虹YOU-YOU“一例兒童遺傳性神經(jīng)肌肉疾病探討”在大家熱烈的討論與分享中順利謝幕,專家老師們從臨床診斷和遺傳變異評(píng)級(jí)方面做出全面解讀和專業(yè)點(diǎn)評(píng),不僅使大家對(duì)IGHMBP2基因相關(guān)疾病有了全新的認(rèn)識(shí),也對(duì)遺傳性神經(jīng)肌肉病有了更深刻的理解和思考。小彩虹YOU-YOU分享會(huì)也是一個(gè)更加廣闊的平臺(tái),為各位臨床老師和遺傳咨詢行業(yè)人員創(chuàng)造更多獲取、分享和交流的機(jī)會(huì),歡迎大家來(lái)投稿。敬請(qǐng)期待下一期小彩虹YOU-YOU案例解析分享會(huì)~


注:本次案例的基因檢測(cè)由上海韋翰斯生物完成。


本期內(nèi)容精彩回放請(qǐng)掃描二維碼

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主辦單位:

上海市遺傳學(xué)會(huì)-臨床遺傳與遺傳咨詢專業(yè)委員會(huì)

小彩虹醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)者會(huì)

湖北省遺傳學(xué)會(huì)基因健康專業(yè)委員會(huì)

中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)遺傳診斷分會(huì)

全國(guó)生育健康遺傳關(guān)懷合作聯(lián)盟

上海市遺傳病基因檢測(cè)和出生缺陷三級(jí)防控專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái)


贊助單位:

上海韋翰斯生物醫(yī)藥科技有限公司

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上海遺傳學(xué)會(huì)臨床遺傳與遺傳咨詢專業(yè)委員會(huì)旨在以罕見(jiàn)病和遺傳病患者為主要關(guān)注對(duì)象,支持出生缺陷防控咨詢師及遺傳檢測(cè),遺傳咨詢事業(yè)的健康發(fā)展,建設(shè)基于國(guó)際共識(shí)和中國(guó)國(guó)情及患者具體信息和臨床需求的權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù),知識(shí)庫(kù)和遺傳咨詢?cè)瓌t,促進(jìn)臨床遺傳學(xué),出生缺陷防控及遺傳咨詢事業(yè)發(fā)展,為臨床醫(yī)務(wù)工作者提供不斷更新和長(zhǎng)久持續(xù)的培訓(xùn),關(guān)注臨床遺傳和遺傳咨詢相關(guān)研究方向,為遺傳咨詢相關(guān)問(wèn)題提供科學(xué)建議和精準(zhǔn)指導(dǎo)。


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“小彩虹論壇”-架起醫(yī)學(xué)-基因檢測(cè)和咨詢-遺傳機(jī)制研究的橋梁





關(guān)于韋翰斯生物

韋翰斯生物成立于2016年,遺傳病篩查與診斷、流產(chǎn)物檢測(cè)、新發(fā)突變單基因阻斷領(lǐng)導(dǎo)品牌,上海市遺傳病基因檢測(cè)與出生缺陷三級(jí)防控技術(shù)服務(wù)平臺(tái)。

公司總部位于上海國(guó)際醫(yī)學(xué)園區(qū),旗下?lián)碛歇?dú)立第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室(LDT/上海)、IVD(基因檢測(cè)試劑盒及設(shè)備)及POCT生產(chǎn)基地(設(shè)備及配套檢測(cè)試劑);業(yè)務(wù)涵蓋遺傳病篩查(三級(jí)預(yù)防)、遺傳病輔助診斷、不孕不育與流產(chǎn)物檢測(cè)、無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前單基因遺傳病檢測(cè)(NIPT-M)、單基因遺傳病阻斷檢測(cè)(PGT-M) 、親緣關(guān)系檢測(cè)及遺傳病方向科研合作等;與數(shù)百家業(yè)內(nèi)頂級(jí)醫(yī)療機(jī)構(gòu)及專家建立牢固合作關(guān)系。

公司擁有遺傳病方向各類檢測(cè)平臺(tái):一代測(cè)序、二代測(cè)序(illumina、華大)、Bionano(結(jié)構(gòu)變異)、QPCR等,可以為遺傳病檢測(cè)及科研提供各類完整的解決方案;公司擁有專利19項(xiàng)、在申請(qǐng)的17項(xiàng),軟著40項(xiàng)、商標(biāo)40項(xiàng),醫(yī)療器械注冊(cè)證30項(xiàng),CE認(rèn)證26項(xiàng)。

集團(tuán)及各分子公司辦公面積約10000㎡。公司銷售收入實(shí)現(xiàn)平均每年2-3倍增長(zhǎng),已完成經(jīng)緯中國(guó)、華耀資本、盛山資產(chǎn)等知名機(jī)構(gòu)4輪融資。公司資質(zhì)榮譽(yù)不斷完善,內(nèi)部管理逐漸規(guī)范高效。先后獲得“上海韋翰斯醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室執(zhí)業(yè)許可”、“臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)審核驗(yàn)收合格證書(shū)”、“室間質(zhì)評(píng)證書(shū)”、“上海市病原微生物實(shí)驗(yàn)室備案憑證”、“國(guó)家高新技術(shù)企業(yè)”、“上海市專精特新企業(yè)”、“知識(shí)產(chǎn)權(quán)管理體系認(rèn)證證書(shū)”等資質(zhì),獲上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位、2021福布斯中國(guó)婦幼行業(yè)系列評(píng)選“基因檢測(cè)企業(yè)Rising Star”、浦東新區(qū)重點(diǎn)科技創(chuàng)業(yè)企業(yè)、安永復(fù)旦最具潛力企業(yè)、2020年“復(fù)旦之星亞軍”、第二屆 “南明英才亞軍”、上海市創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽優(yōu)勝企業(yè)、全國(guó)NGS建庫(kù)技能大賽特殊貢獻(xiàn)獎(jiǎng)等榮譽(yù)。

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