全轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出的所有轉(zhuǎn)錄本的總和，包括了mRNA和非編碼RNA，非編碼RNA包含lncRNA，miRNA，circRNA等。通過構(gòu)建兩種文庫（small RNA文庫，去rRNA的鏈特異性文庫），或構(gòu)建三種文庫（small RNA文庫，去rRNA的鏈特異性文庫，circRNA文庫），對四種RNA（miRNA，lncRNA，mRNA，circRNA）的表達(dá)及調(diào)控關(guān)系進(jìn)行分析，全面構(gòu)建精細(xì)的RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，
全轉(zhuǎn)錄組測序可實(shí)現(xiàn)編碼RNA和非編碼RNA的分析及聯(lián)合分析，從而快速全面準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程（例如發(fā)育、疾病等）主要RNA數(shù)據(jù)信息，將調(diào)控機(jī)制研究從單一層面延伸到網(wǎng)絡(luò)立體模式，目標(biāo)是了解不同類型轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物之間的行為和機(jī)制，分析內(nèi)容更加全面，可靠性更高，可廣泛應(yīng)用于免疫機(jī)制、疾病領(lǐng)域、發(fā)育進(jìn)化研究、致病機(jī)理和藥物靶標(biāo)等研究。
mRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
SNP分析（需達(dá)到10G數(shù)據(jù)量）
比對到參考基因組及結(jié)果評估
新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測（需達(dá)到10G數(shù)據(jù)量）
rRNA殘留分析
可變剪切分析（需達(dá)到10G數(shù)據(jù)量）
飽和度分析
融合基因分析（需達(dá)到10G數(shù)據(jù)量）
數(shù)據(jù)分布均一性分析
lncRNA分析（需達(dá)到10G數(shù)據(jù)量）
基因覆蓋統(tǒng)計(jì)分析
差異基因蛋白互作分析
基因表達(dá)定量分析
個性化分析
基因表達(dá)分布分析
基因表達(dá)差異分析
差異基因聚類分析
GO和KEGG富集分析
lncRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
與mRNA關(guān)聯(lián)分析(需有mRNA數(shù)據(jù))
lcnRNA表達(dá)水平分析
lncRNA靶基因預(yù)測
lcnRNA差異表達(dá)分析
個性化分析
GO和KEGG富集分析
新lcnRNA預(yù)測
miRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
與mRNA關(guān)聯(lián)分析(需有mRNA數(shù)據(jù))
與miRNA數(shù)據(jù)庫比對分析
與lncRNA關(guān)聯(lián)分析（需有l(wèi)ncRNA數(shù)據(jù)）
小RNA分類及注釋
miRNA靶基因預(yù)測
差異表達(dá)分析
個性化分析
GO和KEGG富集分析
circRNA分析內(nèi)容
基本分析
高級分析
原始數(shù)據(jù)質(zhì)控及評估
與miRNA關(guān)聯(lián)分析（需有miRNA數(shù)據(jù)）
與數(shù)據(jù)庫比對分析
個性化分析
circRNA鑒定與注釋
circRNA表達(dá)水平分析
鑒定新的circRNA
可變剪切事件識別
circRNA差異表達(dá)分析
GO和KEGG富集分析
全轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容
其他分析
兩兩關(guān)聯(lián)分析，全關(guān)聯(lián)分析，個性化分析
Identification of Novel Long Non-coding and Circular RNAs in Human Papillomavirus-Mediated Cervical Cancer
鑒定宮頸癌lncRNA和環(huán)狀RNA等biomarker及ceRNA分析
研究人員選取3個病人（HPV16）的宮頸鱗癌組織和癌旁組織，采用兩種建庫方式，通過全轉(zhuǎn)錄組測序來研究宮頸癌lncRNA和環(huán)狀RNA致病分子調(diào)控機(jī)制。
全轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果經(jīng)過分析，共鑒定到差異表達(dá)的19個lncRNA，99個環(huán)狀RNA，304個mRNA。非編碼RNA中鑒定到3個新lncRNA和44個新環(huán)狀RNA，并對這些差異RNA進(jìn)行功能富集分析。共表達(dá)分析和功能預(yù)測中，發(fā)現(xiàn)19個差異表達(dá)lncRNA在致癌和癌癥發(fā)展中具有重要作用；另外還研究了ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析表達(dá)和非表達(dá)RNA的相互作用，及每一個miRNA靶向作用的lncRNA和Mrna競爭關(guān)系。研究結(jié)果表明，非編碼RNA將有可能作為宮頸鱗癌治療和診斷的biomarker。CeRNA網(wǎng)絡(luò)研究在未來宮頸鱗癌研究中將對編碼RNA和非編碼RNA的關(guān)系及重要作用研究的將是重要的分析工具。
Wang H, Zhao Y, Chen M and Cui J (2017) Identification of Novel Long Non-coding and Circular RNAs in Human Papillomavirus-Mediated Cervical Cancer.Front. Microbiol. 8:1720.
韋翰斯生物公眾號
滬公網(wǎng)安備31011502401676
